Con motivo del Mundial Sub-20 de 2011 se llevó a cabo una renovación total con un presupuesto de 22 500 millones de pesos. Se realizó una convocatoria en prensa para buscar jugadores a la que respondieron algunos veteranos del equipo de antes de la guerra, así como un buen número de jóvenes e incluso varios jugadores vascos del Athletic Club de Madrid, a los que el conflicto había atrapado en San Sebastián. Jugadores como Maguregi, Markaida, Canito y Uribe salieron del club o se retiraron, mientras que jóvenes de la nueva hornada como Koldo Aguirre, José Mari Argoitia, Koldo Etxebarria, Iñaki Sáez o Jesús Aranguren se fueron haciendo poco a poco con los mandos del equipo. El nuevo plantel estaba formado por jóvenes promesas provenientes del filial y de otros equipos vascos: en la portería Carmelo sucedió al laureado Lezama, el resto del equipo lo conformaban Garay, Orue, Canito, Mauri, Maguregui, Artetxe, Marcaida, Arieta, Uribe y Gaínza, único superviviente de la antigua delantera y capitán del equipo. En esos años también destacó la figura del delantero Fidel Uriarte, quien en la campaña 1967-68 se hizo con el Trofeo Pichichi tras marcar 22 goles en liga con tan solo 23 años.

También quedaron subcampeones de liga en las temporadas 1940-41, 1946-47 y 1951-52, y de copa en los años 1942, 1949 y 1953. Cabe destacar los seis Trofeos Pichichi conseguidos por Zarra durante este tiempo. Es habitual que los estudiantes lo practiquen en universidades, colegios y a nivel aficionado, incluso las ligas universitarias se han convertido en grandes eventos que presentan llenos en los estadios donde se juegan. Los 15 millones de euros parecía amortizarlos en sus primeros encuentros dado el buen nivel demostrado. Por otra parte, en 1960 el Athletic vendió al veterano defensa Garay al F. C. Barcelona por 5,5 millones de pesetas, lo que supuso la primera venta millonaria de la historia del club. En él, caería en la primera eliminatoria ante el Real Club Deportivo de La Coruña. En el verano del 2004 volvió a confirmar su lealtad hacia el Manchester United con un nuevo contrato de 4 años que lo mantendría ligado hasta el 2008. Ese mismo año mientras jugaba para Inglaterra en una campaña por Europa continental, camisetas del valencia cf su prometida fue acusada de haberlo engañado por la prensa del diario Sun.Inmediatamente ella pidió que se retractaran y ante la negación del periódico inició actividades jurídicas contra el diario.

Además, finalizó el torneo prácticamente invicto, ya que perdió un solo partido (1-0 ante Maipú de Mendoza). Desde el 14 de marzo de 1923 el equipo utilizó permanentemente uno de estos campos provisionales situado al norte de la ciudad y cerca del recinto ferial, el Campo de El Calvario que inauguró en un partido contra el Ronda F.C.. No obstante, la federación accedió a la petición del conjunto vasco para que la final tuviera lugar por el día y no por la noche, ya que el club bilbaíno no estaba acostumbrado a jugar con luz artificial (San Mamés ni siquiera tenía iluminación nocturna en aquel tiempo) y eso daba demasiada ventaja a su rival. No se puede olvidar, por supuesto, al mítico, Telmo Zarra, que se retiró en la temporada 1956-57 jugando en las filas del Barakaldo o a Gonzalo Pujana, jugador qué pasó por las filas del Athletic, y Arenas de Getxo, antes de militar en el club baracaldés, y que más tarde vestiría la camiseta del Real Jaén o Real Unión de Irún. Su puesto en la portería lo ocupó Lezama, un joven guardameta que inició su carrera deportiva en Inglaterra al jugar para el Southampton F.C., y que más tarde regresó a Vizcaya para jugar un año en el Arenas antes de recalar en el Athletic.

El 23 de septiembre de 1962 hizo su debut José Ángel Iribar, un guardameta que se convertiría en uno de los jugadores más laureados de la historia del club. El rojo y el negro obtuvieron la aprobación general y el Padre Grella eligió la actual indumentaria – franjas rojas y negras verticales – pues estos colores coincidían con los que representaban al equipo más popular del pueblo piamontés donde había nacido. Actualmente se realizan trabajos de remodelación para que el equipo Club Deportivo FAS pueda disputar sus juegos por el torneo de Concachampions como local, dichos trabajos incluyen remodelación en los banquillos de jugadores suplentes y cuerpo técnico, así como el engramillado de la cancha, pintura general interior y exterior, nuevas luminarias. El Athletic pidió que la final se jugase en terreno neutral, pero finalmente se jugó en Chamartín, campo del club madrileño. Nuevamente volvía a hacer que la gente pidiera que integrara la Selección de Fútbol de Argentina, pero después de ese partido Ortega se lesionaría en la semifinal de la Copa Sudamericana contra Arsenal de Sarandí y ya no jugaría más en el resto del año.