Al ver que las manifestaciones tuvieron una repercusión mundial, el 14 de agosto el presidente del club Anil Murthy publicó una carta abierta con una cita del accionista mayoritario Peter Lim: Un club en quiebra no es un mejor club. Esto conduce al despido del presidente Alejandro Arteta reemplazándolo con Arturo Char y, como consecuencia, del técnico Diego Edison Umaña, reemplazándolo por Oscar Héctor Quintabani. A fin de ese año, el 10 de noviembre de 2001, se realizó en la Bombonera el partido de despedida de Diego Maradona, con un encuentro entre la Selección de la Argentina contra un combinado de estrellas del mundo. A pesar de haber logrado la clasificación a Copa Libertadores como equipo con más puntos cosechados durante 2009, el técnico Julio Comesaña es despedido, siendo sustituido por Diego Edison Umaña. El partido de ida de la final, se llevó a cabo en el Estadio Tecnológico de Monterrey, ganando los rayados 4-3 contra el Cruz Azul, todo se dio por hecho el 13 de diciembre de 2009 en el Estadio Azul, dejando un marcador de 2-1 a favor de Rayados, viendo su participación como la mejor posible, pues durante toda la liguilla no cayeron ante ningún equipo, siendo los justos vencedores.

Para el Torneo Finalización, Junior contrata al portero Luis Estacio como principal refuerzo. A principios de 2008 Junior se vio amenazado por el descenso por lo que contrató a Giovanni Hernández como principal contratación, y trajo de vuelta a Hayder Palacio (quien había jugado el último año en el Deportivo Cali) para el Torneo Apertura. Junior contrata a Cristian Mejía como principal contratación, procedente del fútbol uruguayo. También Junior fue campeón del torneo amistoso Copa Cotton USA, realizada en Medellín como homenaje a los 10 años de la muerte de Andrés Escobar. En la semifinal venció a Medellín. En la Copa Colombia, Junior enfrenta a Medellín, eliminándolo con un global de 3-2 (3-1 en Barranquilla y 1-0 en Medellín), clasificando a la tercera fase, donde enfrentaría al Quindío, empatando 0-0 en Armenia y 2-2 en Barranquilla. En la final enfrentó a Equidad venciéndolo 3-2 en una final de infarto que se definió por un gol de carambola de Carlos Bacca faltando cuatro minutos para el final del encuentro. En la Copa Colombia Junior quedaría eliminado en segunda fase a manos de Envigado al perder 1-0 en Envigado y ganar 3-2 en Barranquilla, clasificando Envigado por mayor cantidad de goles de visitante.

En este torneo, Junior termina segundo con 31 puntos (1 menos que el líder Deportes Tolima), clasificando a los cuadrangulares semifinales donde queda ubicado en el grupo B junto a Deportivo Cali, Envigado F. C. y Cúcuta Deportivo, terminando líder con 9 puntos (los mismos que el Deportivo Cali que se vio perjudicado al quedar Junior en mejor posición en la fase Todos contra Todos) clasificando a la final. En los Cuadrangulares Semifinales, Junior quedó en el grupo B junto a América, Pereira y Deportivo Cali, terminando tercero con 7 puntos y quedando eliminado del torneo. Para el Torneo Apertura de 2007 llegó al equipo el entonces desconocido Teófilo Gutiérrez, pero la gran contratación del equipo fue el argentino Gabriel Fernández. Cerrando la primera fase del torneo, fue el argentino Jonathan Fabbro quien marcó los dos goles del Caldas para igualar el 22 de abril, 2-2 con Fénix en el Estadio Centenario de Montevideo.

En la fase preliminar enfrenta a Oriente Petrolero de Bolivia, ganando con un resultado global de 5-2. Luego integró el grupo 5 enfrentándose a clubes como River Plate de Argentina, Nacional de Uruguay y Olmedo de Ecuador. En la Copa Colombia termina líder del grupo A con 20 puntos, 1 más que el Unión Magdalena, clasificándose a la segunda fase. Junior termina sexto con 27 puntos (11 menos que el líder Independiente Medellín, clasificando a los cuadrangulares semifinales, donde después del sorteo queda ubicado en el grupo A junto a Independiente Medellín, Deportivo Pereira y Real Cartagena. En los cuadrangulares, Junior queda ubicado en el grupo A junto a Nacional, América y Pasto. Desde los penales clasifica Junior a semifinales, donde enfrentaría a Pasto, perdiendo ambos partidos 3-1 y 1-2 en Pasto y Barranquilla respectivamente, quedando eliminados. En el Torneo Finalización, Junior terminó quinto con 29 puntos, clasificando a los cuadrangulares semifinales. Esta falta le ocasionó una fractura del quinto metatarsiano del pie izquierdo, que lo mantuvo dos meses fuera del terreno de juego.

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