Durante ese tiempo Heynckes renovó el equipo dando más protagonismo a los canteranos, entre los que se encontraban Aranzubía, Del Horno, Luis Prieto, Murillo, Aitor Ocio, valencia terra mitica camiseta Gurpegui y Yeste. Finalizada la temporada, varios jugadores veteranos abandonaron el equipo: Joseba Etxeberria y Armando Ribeiro dieron por concluida su carrera futbolística, mientras que Fran Yeste e Iñaki Muñoz culminaron sus contratos y el club decidió no renovarles. Al concluir la temporada, Luis Fernández es finalmente destituido; su ciclo en el Athletic estaba más que terminado. En la temporada 1998/99 el Athletic participó por 4.ª vez en la Copa de Europa, rebautizada como Liga de Campeones. Además, volvió a disputar una final de la Copa del Rey tras veinticuatro años sin lograrlo, para ello eliminó a cuatro equipos de Primera División: Recreativo de Huelva, C. A. Osasuna, Real Sporting de Gijón y Sevilla F. C. En la final cayó derrotado por 1-4 frente al F. C. Barcelona, que más tarde logró el triplete al ganar la Liga, la Copa y la Liga de Campeones. Los juveniles del Sevilla han sido muchas temporadas campeones de su grupo y han ganado seis veces la Copa del Rey. El Athletic logró finalmente su objetivo de clasificarse para la Europa League, alcanzando la sexta posición con 58 puntos, los mismos que el Sevilla F. C. (quinto) y el Atlético de Madrid (séptimo).

Este empate servía para sumar otro punto, pero los descendía a la décima posición. Preguntado por si considera necesario aplicar cambios a los planes de protección ante este tipo de catástrofes naturales, ha señalado que es «evidente» que haya que «aprender de las experiencias y cualquier tragedia debe hacer reflexionar y debe hacer replantearse cualquier plan». Por un lado, logró una goleada histórica en la Copa de la UEFA 2004-05 al ganar por 1-7 al Standard Lieja, aunque después cayó eliminado en dieciseisavos ante el Austria de Viena. Ya de regreso a la segunda categoría, el andar de los huaicocheros partió con un triunfo ante Deportes Concepción, seguido de un empate como visitante ante Iberia y otro de local ante Ñublense. La vecindad de Guayana había, desde el principio de su establecimiento, defraudado mucho a sus progresos, y la conservación y seguridad de aquella provincia contra las incursiones de los holandeses puede mirarse desde entonces como una de las trabas incompatibles con los adelantamientos de Cumaná. Los ‘gunners’ han abierto una línea de negociación con el Chelsea por el alemán, según informa ‘The Athletic’. Fue la Guardia Civil la que halló los cuerpos hace dos días, dos de ellos en la playa de Sueca y uno en la de Pinedo, según han indicado fuentes el instituto armado.

En junio de ese año falleció de cáncer el presidente Javier Uría, por lo que el vicepresidente, Ignacio Ugartetxe, tomó el mando de forma temporal. Durante la campaña 2010-11 las jóvenes promesas comenzaron a hacerse un hueco dentro del once titular, a las que se sumaron las recién emergidas ese año, como Borja Ekiza, Jon Aurtenetxe, Ibai Gómez e Igor Martínez, unas con más éxito que otras. Ese mismo verano el Athletic fichó al prometedor centrocampista Ander Herrera, proveniente del Real Zaragoza, a quien llevaba años intentando captar. Copa de la UEFA después de seis años sin conseguirlo. A raíz de la eliminación en la Copa de la UEFA en febrero de 2005, las cosas empezaron a no marchar bien, ni en lo institucional ni en lo deportivo. En la liga las cosas tampoco marcharon mejor. Mejor registro de imbatibilidad de Liga en el siglo XXI. Finalmente, el Athletic concluyó la Liga noveno y el entrenador Ernesto Valverde rechazó la oferta de renovación por discrepancias con la nueva junta directiva.

Para sustituir a Valverde en el banquillo la junta directiva contrató a José Luis Mendilibar, proveniente de la S. D. Eibar de Segunda División, pero pronto fue cesado debido al nefasto inicio de Liga (el segundo peor de la historia del Athletic). Restando cinco fechas, Boca lideraba el torneo cómodamente con 6 puntos de ventaja sobre el segundo. Al comienzo de la temporada 2001-02 Javier Uría fue elegido nuevo presidente y trajo de vuelta a Jupp Heynckes, que inició su segundo ciclo en el banquillo rojiblanco. Le sustituyó Javier Clemente, camiseta del valencia nueva quien se sentaba por tercera vez en el banquillo rojiblanco. Con un equipo hecho, pero a la vez sin florecer, el Athletic llegó hasta dieciseisavos de final de la Europa League, mientras que en Liga concluyó en octava posición. Esta temporada también supuso el principio del fin para Julen Guerrero; San Mamés veía como su preciada perla, el gran ídolo de los 90, cada vez era más habitual en los banquillos. A partir de la temporada 2009-10 el equipo entró en una etapa de crecimiento, en la cual comenzaron a emerger jóvenes promesas como Iker Muniain, Óscar de Marcos, Mikel San José, Markel Susaeta y Ander Iturraspe, si bien su participación en el primer equipo aún era secundaria.

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